Après le déroulement pacifique des élections en Bosnie-Herzégovine, en septembre 1996, l'OTAN procède à une réévaluation de sa mission pour la période suivant l'expiration du mandat de l'IFOR. Malgré d'énormes progrès, l'environnement demeure potentiellement instable et peu sûr de sorte qu'une présence militaire reste indispensable pour consolider le processus de paix. Le 20 décembre la Force de stabilisation appelée SFOR prend le relais.

Elle a pour mission primaire de contribuer à instaurer l'environnement sûr nécessaire à la consolidation de la paix, en effectuant les tâches suivantes : prévenir la reprise des hostilités et d'empêcher l'apparition de nouvelles menaces pour la paix; consolider les résultats obtenus par l'IFOR et de promouvoir un climat propice à la poursuite du processus de paix; apporter, dans la limite de ses capacités, un soutien sélectif aux organisations civiles.

Au début, le contingent luxembourgeois poursuit sa mission de transport au sein du bataillon BELUGA. En avril 1998, la Belgique et le Luxembourg décident de modifier leur contribution en engageant le BELUBG (Belgian-Luxembourg Battle Group) au sein de la Multi National Division South West sous commandement britannique.

Les missions du contingent luxembourgeois restent plutôt les mêmes. La prévention d'une reprise des hostilités et le maintien de la paix sont leurs objectifs primaires. Neuf rotations, avec des effectifs qui varient entre 22 et 24 militaires, se succèdent entre janvier 1997 et janvier 2000.

À la suite des attentats de New York et d'Arlington le 11 septembre 2001, une résolution du Conseil de sécurité des Nations unies autorise les États, dans le cadre de la légitime défense, à agir pour prévenir des actes terroristes. Dans ce contexte, les États-Unis mettent en place une coalition internationale pour renverser le régime taliban en Afghanistan, considéré comme foyer du terrorisme international. En octobre 2001, l'opération «Enduring Freedom» est lancée sous le commandement américain.

Initialement crée à l'issue de la conférence de Bonn, en décembre 2001, l'OTAN prend le commandement à la demande des Nations unies et du gouvernement afghan en août 2003. Peu de temps après, les Nations unies autorisent la ISAF à s'étendre progressivement sur la totalité du territoire de l'Afghanistan. Parallèlement, les effectifs sont augmentés de 5.000 hommes en 2001 à plus de 130.000 en 2003.

La mission primaire de l'ISAF est d'aider le gouvernement afghan à assurer la sécurité dans le pays et à mettre en place de nouvelles forces de sécurité. À partir de 2011, l'OTAN transfère la responsabilité de la sécurité progressivement aux forces afghanes. Cette période de transition s'achève en 2014.

L'ISAF est l'une des plus importantes opérations internationales de gestion de crise jamais menées, à laquelle ont contribué 51 pays. Plusieurs milliers de militaires de la coalition et de l'ISAF ont été tués au combat. 

La mission de la Force d'assistance à la sécurité s'achève fin 2014. Les activités de formation, de conseil et d'assistance destinées aux forces de sécurité et aux institutions afghanes se poursuivent dans le cadre d'une nouvelle mission Resolute Support Mission (RSM) qui commence en janvier 2015.

Les alliés et leurs partenaires déploient un total de 12.000 militaires lors des six ans de mission. Leurs principales tâches étaient les suivantes : soutenir la planification, la programmation et la budgétisation; promouvoir le respect des principes de l'État de droit et de la bonne gouvernance; soutien des processus de génération de force, de recrutement, de la formation et de la gestion du personnel.

En avril 2021, l'OTAN décide le retrait des forces de l'Afghanistan. La mission prend officiellement fin en septembre 2021.

À la suite du départ de l'OTAN de l'Afghanistan, les forces talibanes reprennent le contrôle du pays. Kaboul est reprise le 15 août 2021. L'Armée participe, en coopération avec la Direction de la défense et le ministère des Affaires étrangères et européennes, à une opération d'évacuation de personnes civiles.

L'objectif est d'évacuer des personnes ayant des liens avec le Grand-Duché et la Belgique, des ressortissants des pays occidentaux, ainsi que des citoyens afghans ayant des liens avec les forces alliées ou organisations internationales. Au total, 23 vols d'évacuation sont effectués et 1.412 personnes sont évacuées.

La mission de conseil et d'assistance en matière de réforme du secteur de la sécurité est déployée en République Démocratique du Congo en juin 2005. L'objectif est d'assister les autorités congolaises dans l'établissement d'un dispositif de défense capable de garantir la sécurité de la population, tout en respectant les normes démocratiques, les droits de l'homme et l'État de droit, ainsi que les principes de bonne gouvernance.

À partir de 2009, le mandat d'EUSEC est progressivement étendu et diversifié afin de moderniser tant l'administration que la gestion des ressources humaines. La mission EUSEC s'achève en juin 2015, mais une mission de conseil réduite est maintenue afin de permettre à l'UE de poursuivre son soutien aux autorités militaires congolaises dans la mise en œuvre des réformes.